南京大学亚太发展研究中心奉行学术创新与机制创新、基础理论研究与应用对策研究、科学实证方法与传统人文研究途径相结合的原则。中心实行有明确职能分工的管理体制：
·基金管理委员会：负责资金管理与总体协调；
·中心学术委员会：负责学术事务的规划、组织和管理；
·中心行政管理团队：负责中心日常事务的组织与管理；
·学术项目（研究群）：召集人负责具体研究课题的实施；
