论文
1、《历史三味：康熙帝与明孝陵的故事》，载孙江主编：《新史学》第8卷《历史与记忆》，中华书局，2014年。
2、《晚清的“共和”表述》，《近代史研究》2013年第1期。
3、《孙中山：英雄形象的百年流变》，《江苏大学学报》2011年第5期。
4、《孙中山崇拜与民国政治文化》，《二十一世纪》总第186期（香港：2004年12月）。
5、《“总理纪念周”与民国政治文化》，《福建论坛》2006年第1期。《中国社会科学文摘》2006年第2期转载。
6、《“党葬”孙中山：现代中国的仪式与政治》，《清华大学学报》2006年第3期。人大报刊复印资料《中国现代史》2006年第9期全文转载。
7、《开放的纪念性：中山陵建筑精神的表达与实践》，《南京大学学报》2004年第3期。《中国社会科学文摘》2004年第5期、《新华文摘》2004年第15期转载。
8、《青年孙中山的革命想象——1895年广州起义再探》，《社会科学研究》2005年第1期。《高等学校文科学术文摘》2005年第3期、《历史教学》2005年第7期转载，人大报刊复印资料《中国近代史》2005年第4期全文转载。
9、《孙中山缘何走上反清道路——关系网络角度的考察》，《江苏社会科学》2003年第4期。《新华文摘》2003年第11期转载。
10、《革命进程中的身份转换——朴容万与韩国独立运动》，《社会科学研究》2006年第2期。
11、《谁之县政——民国后期山西四县财政预算岁出结构的案例分析》，《中国社会历史评论》第10卷（2009年），第299—322页。
12、《江湖：中国文化的另一个视窗——兼论“差序格局”的社会结构内涵》，《学术月刊》2011年第11期。
13、《“江湖”：底层群体的生存体验和社会构图》，《江苏社会科学》2010年第6期。
14、《客家：社会身份、土客冲突与华南地方军事化》，《清史研究》2006年第1期。
15、《行走在政治与学术之间——中国秘密社会史研究的百年历程及其展望》，《河北学刊》2005年第3期。《中国社会科学文摘》2005年第6期、《高等学校文科学术文摘》2005年第4期转载，人大报刊复印资料《中国近代史》2005年第8期全文转载。
16、《倭寇记忆与中国海权观念的演进》，《江海学刊》2007年第3期。《中国社会科学文摘》2007年第5期转载，人大报刊复印资料《明清史》2007年第12期全文转载。
17、《条约文本与实践——近代上海港引水权的丧失》，《徐州师范大学学报》2003年第4期。人大报刊复印资料《中国近代史》2004年第1期全文转载。
18、《近代中国引水权的收回》，《近代中国》总第141期（台北：2001年2月）。
19、《观念的成长与主体的缺席——二十年代初收回引水权的尝试》，《福建论坛》（人文社会科学版）2001年第3期。《中国社会科学文摘》2001年第6期转载。
20、《〈中国引水总章〉及其在近代中国的影响》，《历史档案》2000年第3期。人大报刊复印资料《中国近代史》2000年第12期全文转载。
书评
1、“Revolutionary Party and Rural Society: The Organization of the Chinese Communist Party during the Anti-Japanese War, by Li Lifeng”, Journal of Modern Chinese History, Volume 6, Issue 1, June 2012, pp. 113-114. 2、《回到孙中山——庄政著〈孙文革命思想发展史论〉读后》（上、下），《广东文献季刊》第38卷第3期第25-30页、第4期第17-23页，台北：2010年7月、10月。
3、《评〈文化与叛乱〉》，《中国史研究》2004年第2期。
4、《“唤醒中国”的政治文化史》，《读书》2001年第8期。
译著
1、《唤醒中国：国民革命中的政治、文化与阶级》，费约翰著，李恭忠、李里峰等译，刘平校，北京：三联书店，2004年。 2、《历史社会学手册》，杰拉德·德兰迪、恩靳·伊辛主编，李霞、李恭忠译，北京：中国人民大学出版社，2009年。（75万字）
3、《压力下的生活：1700－1900年欧洲与亚洲的死亡率和生活水平》（清史工程编译丛刊），托米·本特森、康文林、李中清等著，李霞、李恭忠译，北京：社会科学文献出版社，2007年。
4、《三合会的仪式与神话：创造认同》，田海著，李恭忠等译，商务印书馆即将出版。
